习水土，兵多负重，值此炎暑酷热，难责兼程之行也”，又提出正下大雨，河沟皆满，不利于行军，建议走水路。所谓“不习水土”、“炎暑酷热”，固然有理，但同以北方人为主的清军援兵相比，就很难说得过去。至于正逢大雨，不利陆路行军，更是一种借口，因为清军援兵赶赴南京的路程要远得多。朱成功竟然采纳了这一主张，决定由水路进发，从而失去了第一次战机。六月十八日晚上，由贵州返回北京休整的部分满洲八旗兵在梅勒章京噶褚哈、玛尔赛、吐尔玛率领下由荆州到达南京，增强了防守力量，大大振奋了城内的士气。清两江总督郎廷佐在题本中说：“自海逆于京口得志后，贼势大盛，于六月二十六等日，已溯江逼近江宁。时因城大兵分，力薄难支，幸由梅勒章京噶褚哈、玛尔赛、吐尔玛等率满洲兵自贵州前来，省城方得无虞”。
不过，这支清军数量有限，又是因出征日久由他部替换回北京休整的疲惫之军，南京清军的实力并没能增强太多，硬要打，郑军还是打得下来的。可郑军在占领镇江后，行动却异常缓慢。十几万大军所乘海船形体巨大，逆水而上，又不顺风，只能靠纤挽而行，十天之后七月初九日才到达南京仪凤门下。按理说，兵将既然是乘船而来，当不致旅途疲劳，稍事部署即可发起攻城。可这位国姓爷仍然慢吞吞地动作，七月十一日他率领大将甘辉、马信等数十人在几百名亲随侍卫保护下“绕观钟山，采踏地势”，十二日，成功率诸文武将士赴孝陵祭太祖，哭奠列宗。
“国姓，兵贵神速，现在可不是悲伤的时候，当速取金陵才是”，望着哭成一团的主上，中提督甘辉有些着急地说。
“嗯”，身经百战的朱成功自然知道一鼓作气的道理，点点头完成了祭拜。次日，“令甘辉、余新扎狮子山；万礼、杨祖扎第二大桥山；以翁天祐为救应，御仪凤门要路；马信、郭义、黄昭、萧拱宸屯扎汉西门，连林明、林胜、黄昌、魏雄、杨世德诸营垒。又令陈鹏、蓝衍、陈魁、蔡禄、杨好屯扎东南角，依水为营；刘巧、黄应、杨正、戴捷、刘国轩屯扎西北角，傍山为垒，连周瑞、林察、张名振等营。又令张英、陈尧策、林习山屯扎狱庙山，连诸宿镇护卫大营。各设鹿角了望，深沟木栅防御。江南一时震动”。不过，南京城是太祖高皇帝建都的地方，城垣非常广大，郑军虽有十几万也难将该城包围得水泄不通，如此部署，看似围住了南京，却让己方的兵力分散，变得单薄。
“国姓，伪清水师提督管效忠派人请降”，正准备下令攻城，前锋镇余新给这位国姓带来了一个好消息。“哦，让来使入帐”，朱成功点了点头。七月十一日，郑军曾截获管效忠给清廷的紧急求援疏，其中说：“海师二十余万、战船千余艘，俱全身是铁，箭射不透，刀斩不入。瓜、镇二战，败回者魂魄犹惊，策战皆鞠缩不前……现攻围南都，危如垒卵，乞发大兵南下救援扑灭，免致燎原焰天”。他阅后非常高兴，判断“南都必降”，当即命人草拟招降书，用箭射入城中，如今敌人果然降矣！此时的他已经被胜利冲昏了头脑，认为以自己的实力和威望，敌人来降乃是理所应当，丝毫没有怀疑。
使者入帐，恭敬地呈上清水师提督管效忠的请降信。拆开一看，上面写着：“大师到此，即当开门延入。奈我朝有例，守城者过三十日，城失则罪不及妻孥。今各官眷口悉在北京，乞藩主宽三十日之限，即当开门迎降”。
“哦，让孤等三十日？”朱成功读罢信，想了想同意了，毕竟南京乃天下有数的坚城，强攻损失太大，若不战而得南京，岂不是件好事？
“尔回去告诉管效忠，本藩攻此孤城，不过一脚尖耳。既然来降，姑准其宽限者，盖欲取信于天下也。若至期不降，攻入之时，寸草不留”，他严肃地对使者说。
“国姓，此乃缓兵之计，不可凭信，可速攻之”，使者叩首而去后，部下潘庚钟建议。
“自舟山兴师至此，战必胜，攻必取，彼焉敢缓吾之兵耶？彼朝实有定例，尔勿多疑”，朱成功满不在乎地说，言语中尽显王者霸气。
潘庚钟急了，“国姓，孙子有云：‘辞卑者，诈也；无约而请和者，谋也。欲降则降，岂恋内顾？决是城中空虚。速为进兵攻之，乃为上策’”。
“哼哼，古者攻城为下，攻心为上。今既来降，又准其约，若骤然攻之，彼心不服。俟其不如前约，然后急攻，莫谓城内人心悦服，且使天下皆知我行仁义之师。况太祖皇陵在此，亦不宜震动也。尔勿再多言”，朱成功不耐烦地摆了摆手。这位国姓治军甚严，极有威仪，潘庚钟不敢再劝，摇头叹气而出。
朱成功并不以为意，只是令诸提、镇，严防谨守，日则了望，夜则伏路，金鼓之声，日夜不息，守困以待其降。
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“郑逆允了？”
听得使者回报，喀喀木、郎廷佐、噶褚哈、管效忠等人大喜，皆曰：“此乃朝廷之福”。所谓“请降”，不过是南京满、汉官员的计策而已。为了保卫南京，他们一面以管效忠的名义卑辞借以缓兵；一面从附近调集一切可用的军队，同时向清廷发出十万火急的求援奏疏。
七月中旬，清军援师陆