永历十三年1659年七月十二日，十余万身着甲胄的将士来到了紫金山南麓独龙阜玩珠峰下的孝陵。这里是太祖高皇帝与孝慈高皇后合葬的陵寝，大明朝奉行孝治天下，故名“孝陵”，在这个战乱的年代具有莫大的意义，谁能首祭孝陵，谁便是大明的正统。
为首一人，三十五六岁的年纪，面容清秀，抿着嘴唇，微髭、短粜，神采飞扬。只见他带着众人于门外下马后，由甬道旁行，上行三跪九叩头礼，诣宝城前行三献礼，谒陵态度之恭敬，礼数之尊崇，感人肺腑。
“太祖高皇帝！”那汉子深深一拜，忽然虎目垂泪，发出悲鸣。这一拜一哭不要紧，三军将士人人愤激，皆跟随他既拜而哭，“父老从者数万人，皆感泣”，玩珠峰乃至整个紫金山，顿成悲伤的海洋。此人非是别人，正是隆武帝赐姓朱、人称“国姓爷”的朱成功。
永历十二年1658年，清军进兵西南，朱成功见清方主力集中于西南，决定率军乘船北上，沿长江进取金陵南京。此计划其实早已有之，为此还曾上表永历帝，报告出师大举，要求李定国、孙可望各军密切配合。去年，郑军开始了紧张的北伐准备，他亲自坐镇厦门，检查军备，储备粮食，督造战船，操练铁军，绥靖后方。出征前夕特意公布北伐禁条十项，主要内容是严禁奸淫、焚毁、掳掠和宰杀耕牛等。不久，永历帝晋其为延平郡王、招讨大将军，全权主持北伐军事。四月，准备完毕的他率舟师十万一说十七万，陆海并进，浩浩荡荡杀奔金陵，开始了闻名天下的长江之役。
开局并不顺利。八月初九日，他亲统大军乘船由舟山进抵羊山今大洋山，属崎岖群岛，这里是“海道必由之路”，“南至定海，北至吴淞，皆一潮可到，盖江、浙之交界也”。在羊山，斯人发出豪言：“我提师望复神京，以为社稷”。不料天有不测风云，碰到了台风。八月初十日，陡然之间乌云滚天，狂风骤起，大雨如注，波涛汹涌，郑军舟船对面亦不相见，互相撞击和为大浪颠覆，翻沉损坏的很多。他的六位妃嫔，第二、第三、第五个儿子都被淹死，兵将、船艘、器械损失巨大，不得不返回舟山整顿。由于该岛荒芜，大军难以久留，九月初，郑军船只分三帮经舟山群岛与镇海县之间的海峡南下。祸不单行，清福建提督马得功趁郑军远出、金厦空虚之机，于六月初四日攻占了泉州附近的郑军基地白沙即郑鸿逵归隐地；郑军中一些清方投降过来的北方兵将不习惯海上军旅生活，又被羊山飓风吓坏，纷纷逃走。在极端不利的情况下，这位国姓并不气馁，一面整顿队伍，制造器械，修补船舰，筹集粮饷，准备明年再举；一面在南返途中攻克台州、海门卫、黄岩县、盘石卫、乐清县等浙江沿海要地。
永历十三年1659年二月二十日，朱成功由沙关来到磐石卫，再次着手部署长江战役，他吸取教训，一面加强金厦防务，一面传谕官兵搬眷随征，谕云：“官兵远征，不无内顾；携眷偕行，自然乐从。本藩统领大师，北伐丑虏，肃靖中原，以建大业。虑各勋镇将领官兵，永镇之时有为家之念，已经着兵、户官拨赶缯船配载各眷；各令有眷官兵照依派船载来，暂住林门，候令随行”。他用兵历来喜欢把将士的家眷安置于比较安全的地方，此时一反常态是因为对攻克南京、收取江南有必胜的把握，所以在给部下的军令中用了“永镇”二字。此令一下，“官兵俱各欣悦”。有人觉得他是怕大军北征时，留在金厦的家眷被清军所夺，动摇军心；也有人作诗讽之曰：“浪激风帆高入云，相看一半石榴裙。箫声宛转鼓声起，江左人称娘子军……”。这都不重要，重要的是仗打得如何。
此次可谓势如破竹！四月，朱成功、张煌言亲统大军北上，二十八日到达浙江定海，经过两天激战，全歼守军，焚毁清水师船只一百余艘，既解除了后顾之忧，又制造出进攻宁波的假象；五月初，他亲率兵马十余万、分乘大小船舰三千余只从定海北上，航向长江口。十九日，由吴淞口进入长江。清苏淞提督马逢知原名马进宝事前已同他有秘密联系，按兵不动，心怀观望；六月初一，郑军进至江阴；十六日攻克瓜州，阵斩清游击左云龙，破满汉兵马数千，清操江巡抚朱衣助投降；二十二日在镇江银山大破清江宁巡抚蒋国柱、提督管效忠派来的援兵，清镇江守将高谦、知府戴可进献城投降；二十六日，张煌言带领的一支为数不多的舰队已进抵南京城下。一时间，长江中来往行驶的是郑军的战舰，两岸驰骋的是郑军的战马，各城镇都涌动着欢迎郑军的百姓，抗清形势呈现出从未有过的大好局面。清廷方面慌作一团，靖南将军喀喀木、江南江西总督郎廷佐密疏请求“速从京师调遣大兵前来，方可恢复瓜州，大江两岸城池亦不致失守”，“势甚猖獗，连日长驱，围困江宁，侵犯上游，大江南北各州县相继失守，内外信息不通几一越月”……漕运总督亢得时，在“不死于敌必死于法”的压力下，居然在往援南京的途中从船上跳入水中自尽。在巨大的压力面前，清廷急调上海、杭州等地驻军以及由云贵返回北京轮休的军队驰援南京。
镇江距南京不过百里之遥，部将甘辉建议“昼夜倍道，兼程而进”；其他将领却以“我师远来，不