两个月以后，沈飞进行了第一次总部搬迁，搬到了南京。原因自然是准备登基称帝建都，虽然有楚威王和秦始皇先后埋黄金镇压龙气的典故，后来有很多人因此想挖黄金发财，结果金子没挖到，反而泄了地气的传说，导致建都南京的政权都比较短命。
三国的吴、东晋，南朝宋、齐、梁、陈、太平天国、中华民国都是这样，只有明代经历了永乐迁都，可是沈飞却还是选择了定都南京，而且以后也不打算迁都。一是因为这个世界不存在什么“龙气、王气”之类的玄幻东西，二是因为明朝历史的惯性。
最重要的是第三点，因为从宋代开始精华地区已经从北方转移到了南方，从内陆转向了海洋。南京是有出海口的，完全符合要求。皇宫雏形的初步营建还需要两个月完成，消息已经散布开去，新朝国号为“明”，这让明教中人很受鼓舞，各项准备工件都在进行。
不过在这之前，还有一件事情要做，就是要清除掉“元遗”分子，去除历史后患。或者更加确切得说，是要清除金国入侵中原以来三百多年来华夷观念淡漠甚至颠倒，汉人的习惯性奴才心理。
沈飞看到过史料，金国在侵占中原以后，从天会四年（1126）开始就如后来的的满清一样实行“剃发易服”，多次下令占领区百姓“即归本朝，宜同风俗”、“削去头发，短巾左衽”，否则“即使犹怀旧国，当正典刑”、“禁民汉服及削发，不如式者死”。
《建炎以来纪年要录》记载了很多百姓因为穿汉服或者头发样式不符合金人规定而被杀害的例子，到南宋乾道年间（1170），宋使范成大出使金国时，他的著作笔记中记载见到北方过了淮河直到汴梁的百姓装束已经普遍没有了汉人特征。
金国实行“剃发易服”有一条还超过满清，那就是不只当时的人，甚至波及了古人的衣冠，淳熙年间，宋使陈益道经滹沱河畔光武庙，“见塑像左衽”，就连庆幸过“微管仲，吾其被发左衽矣“的孔子也没有幸免，开禧二年(1206)，岳珂跟随宋军北伐至涟水，见军学宣圣殿“像设皆左衽，相顾浩叹”。
这种现象经过朱元璋洪武年间大力整改以后还没有完全绝迹，永乐八年济南、宣德七年河南、正统十三年山西都有官员报告文庙圣贤塑像“左衽”，要求整改的记录。
蒙元时期的公服是右衽，这属于官员制服，与民族无关，除此之外在服饰没有强制要求。不过元军南下时一些投降迎接的汉奸为了讨好蒙古人主动打扮地和蒙古人一样，后来的“南人”为了讨蒙古人欢心方便升官也普遍在生活习惯效仿蒙古人。
据郑思肖记载“愿充虏吏，皆习蒙古书，南人率学其字”、“今南人衣服、饮食、性情、举止、气象、言语、节奏，与之俱化，唯恐有一毫不相似”，就是说蒙古人虽然没有强制，却塑造了提倡生活蒙古化的环境，几十年下来，也起到了和“剃发易服”同样的效果。
除了服饰的变异，更加严重是观念“华夷之辨”的逐渐消灭甚至颠倒，宋朝是因为民族对峙，对这方面曾有过警惕，北宋政府就多次下令，禁止民间穿戴“钓墩”、毡笠之类的契丹服饰，南宋时更加严格，绍兴二十一年，赵构下令禁止市井娱乐中的胡服、胡乐。
可是这些随着蒙古入侵全部消失甚至颠倒了，1274年蒙古侵宋檄文称“先谓吊民而伐罪，盖将用夏而变夷”，投靠蒙古的无耻文人徐世绩、孟祺为了蒙古灭宋献贺表称南宋为“岛夷”、“三苗”、“蛮夷”。
甚至有理学正脉传承背景的刘因夸耀蒙古攻宋“杀伐武功”的《渡江赋》里称“蠢尔荆蛮，何痴而狂”，连文人都是这样，像张弘范这样的武将屠夫写出《过江》诗“磨剑剑石石痕裂，饮马长江江水竭。我军百万战袍红，尽是江南儿女血”，也就不足为怪了。
这种情况在明初进行过大力整改，洪武初年尚宾馆副使刘夏(1314—1370)指出“内中国而外夷狄，此天地之常理，人伦之大义。今天下污染日深，虽学士大夫，尚且不知此意。今后中原府州司县官，固当用衣冠署事，又召彼土一二父老，赐以冠巾，使北方之人，渐知华夷之辨”。
明初强调“华夷之辨”思想最强烈的学者是方孝孺，激烈程度起码在外面表现已经超过了朱元璋本人，根本不承认蒙元政权的合法性。后来经过了土木堡之变，外患愈加严重，越来越多的学者著作中强调起了朱元璋“驱除胡虏，恢复中华”的历史功绩。
何乔新（1427年-1502年）《皇明条法事类纂》强调：盖自胡元入主中国，衣冠变为左衽，正音转为侏离，彝伦攸斁，人尽胡俗。仰惟太祖高皇帝用夏变夷，肇修人纪，扫胡元之陋俗，复华夏之淳风。去异服，而椎髻不得以乱冠裳之制；禁异言，而胡语不得以杂华夏之音。有余百年，国不异政，家不殊服，斯世斯民复见唐虞三代文明之盛，实我列祖之功也。
而这种思想体现地最激烈的要数成化年间陆容《菽园杂记》里的论述，只保留在海图书馆的明刻本中，满清刻本被删去了：
蒙古氏入主中夏，固是大数，然人众亦能胜天。当时若刘秉忠、许衡、窦默、姚枢、姚燧、郝天挺、