陈洪范和凌濛初下去了以后，崇祯又接见了薄珏和宋应星。这也是之前就预约好的，三天之前，薄珏和宋应星就上疏说他们的实验获得了很大突破，要面见崇祯汇报成果，崇祯安排他们今天见面。
薄珏和宋应星来了之前，虽然出于礼仪保持严肃，但是嘴角还是露出难以抑制的笑意，看来这次他们获得的突破不小。经过询问，宋应星说，上次讨论之后，他和薄珏两个人回去就夜以继日地做实验，十天前，终于验证了他提出的“元气自有之尘”确实存在，而且和引起燃烧的空中“水神之气”果然是同一样东西。
崇祯询问他们是怎么验证的，宋应星说具体方法就是当天薄珏提到的办法，只是实际做起来，需要设计更精密的仪器，这些仪器都要重新制造。制造出可以和主器相连的隔间，用可以打开的隔板隔开，外面密封，制造出这样一个合格的实验仪器就用了两个月才成功。
薄珏说有了这样与隔间连通，可以随时打开和关闭的密封仪器，验证宋应星提出的“元气自有之尘”和“水神之气”，果然是确实存在无疑。在小隔间里放上活物，打开和主器连通，等活物死去，再断开连通。按宋应星的假说，主器中的“元气自有之尘”已经耗尽，任何活物放进去，肯定憋闷而死。把小隔间放进新的活物，短时间里灌满水后再打开连通，水流泄进主器，活物不再整个淹在水中，却还是挣扎几下依旧死掉。可见这时主器中的空气已经不含“元气自有之尘”。
宋应星点头说用这个方法验证“水神之气”也是一样的结果，打开隔间以后燃烧烛火直到熄灭，现放进新的烛火，也是肯定迅速熄灭。崇祯问他们说验证“元气自有之尘”和“水神之气”是同一样东西，是实验过烛火熄灭以后剩余的气，也肯定不能让活物生存。反过来活物死后剩余的气，也肯定不能让烛火燃烧。
宋应星说正是这样，而且用这个方法还可以测定空气中的“元气自有之尘”含量多少，用同样形制和材料制作的蜡烛，放在器皿隔间中，从点燃到熄灭，测量蜡烛燃烧长度变化，或者用沙漏计时，观察长度和时刻就可以确定“元气自有之尘”含量多少。
薄珏又补充说他和宋应星已经实验了很多次，用这个方法测量“元气自有之尘”的含量百试不爽，如果门窗紧闭，人多拥挤的房间里，同样容量器皿所取空气，则测出“元气自有之尘”含量肯定要比户外少。树木丛林中所取的空气，和闹市之中所取空气，肯定是树林之中所取空气“元气自有之尘”含量更多。崇祯听后连连叫好，沈飞明白他们已经开始注意定量研究分析了。
宋应星高兴地说，如果仅仅是这样，还算不上什么了不起的发现。他们已经能制出纯粹的“元气自有之尘”，也可以说是纯粹的“水神之气”，崇祯听到这话吓了一跳，猛得从座位上站了赶来，看着他们又询问确认了一下，如果真的能制取出氧气，那就是一个有巨大意义的突破。
宋应星说他和薄珏自从得到这种测量“元气自有之尘”含量的办法，就想到如果燃烧火烛，以及活物呼吸能让空气中的“元气自有之尘”减少，那或许其他过程也可能有类似的结果，于是把各种东西放在有“元气自有之尘”的空气中加热，事后再测量。按这个思路，果然发现铁、铜之类虽然不能燃烧，在气中加热，也可以减少“元气自有之尘”含量，要是放进铁屑、铜屑则更加明显。而生成铁锈、铜锈则比之前的分量有所加重，他猜想肯定是空气之中的“元气自有之尘”被摄入铜铁之中导致的。
宋应星说他向来患有痔疮，以前路过南直隶常熟县时，遇见当地名医缪希雍，从他那里购买到一罐红粉霜用来治疗痔疮。听缪希雍说过，这红粉霜是用水银炼制而成，医家也是从道士炼丹那里得来，他心血来潮，就想试试这红粉霜能不能增减“元气自有之尘”的含量。
于是就把红粉霜放进容器隔间里，打开连通进行加热，足够时间以后，断开连通，再测试大容器里面的“元气自有之尘”的含量，发现居然增加不少，再看原来的红粉霜则大部分变成了水银。他因此断定之红粉霜肯定是水银和“元气自有之尘”化合而成。
宋应星又去医馆购买更大量的红粉霜进行实验，所得的效果更加显著，他就和薄珏商量，如果加热这个红粉霜可以释放出元气之尘，能不能用这个办法制取获得更加纯粹的“元气自有之尘”？薄珏接过话头说，他听到宋应星的发现，也非常惊喜，如果能制得纯粹的“元气自有之尘”，那简直是盘古开天辟地以来前所未有的事情。
薄珏因此冥思苦想，终于想到了一个办法，这红粉霜加热以后可以变成水银，如果把大量的红粉霜和水银装满一瓶，倒扣在水银池中，则这个瓶中没有杂气。这瓶倒扣在池中后，上面开一个阀，以细长玻璃管与一个装满水，倒扣在水中的玻璃瓶连通。
再以透镜聚光加热瓶中的红粉霜，等瓶中上方出现气体，就打开闭阀，气体顺玻璃管进入水瓶。等水瓶中气体注满，封住玻璃瓶下方从水中取出，则这个瓶中所获得的就是比较纯粹的“元气自有之尘”了。再进行验证，果然用这个方法收集获得的气中，火烛燃烧更炽烈明亮，用小老