在跨系统守护者联盟逐渐稳固后，林羽与伙伴们开始共同探索如何推动多元宇宙向着更良性的终极进化方向发展。他们借助各个签到系统所赋予的独特优势，在多元宇宙的各个关键节点进行联合签到行动。
每次联合签到都会引发奇妙的能量反应，仿佛多元宇宙的脉搏被有力地跳动起来。通过这些签到，他们获得了能够重塑宇宙空间结构的特殊能量，开始着手修复那些因过往战乱而变得扭曲、不稳定的星际通道和次元空间，让不同世界之间的往来更加顺畅安全，进一步促进了文明的交流与融合。
然而，那部分心怀叵测的守护者并未就此罢休。他们暗中勾结起来，组成了一个名为“暗影盟”的邪恶势力，企图通过控制一些神秘的黑暗神器来打破现有的平衡，进而夺取多元宇宙的主导权。这些黑暗神器蕴含着混沌且邪恶的力量，一旦被完全激活，后果不堪设想。
林羽他们很快察觉到了“暗影盟”的阴谋，于是展开了一场惊心动魄的神器争夺大战。这场大战波及范围极广，从闪耀着璀璨光芒的星河之畔，到弥漫着神秘气息的古老星云深处，处处都是能量碰撞的激烈景象。
林羽凭借签到系统新解锁的“灵觉洞察”能力，能够提前预判“暗影盟”的行动，带领着联盟成员一次次巧妙地拦截对方。在争夺一件名为“暗夜权杖”的黑暗神器时，双方僵持不下，“暗夜权杖”所释放出的黑暗力量不断侵蚀着周围的空间，让参战者们都承受着巨大的压力。
关键时刻，林羽想起之前在一处蕴含净化之力的特殊世界签到获得的“圣辉护盾”，他迅速激活护盾，那纯净的光芒如同一轮烈日，驱散了“暗夜权杖”散发的黑暗，趁此机会，守护者联盟齐心协力，终于将这件神器封印起来，使其无法再被“暗影盟”利用。
可“暗影盟”并未因这一次的挫败而一蹶不振，他们改变策略，开始在各个文明世界中暗中散播混乱与猜忌的种子，试图从内部瓦解跨系统守护者联盟以及多元宇宙的和谐秩序。一些原本和平相处的文明之间渐渐出现了摩擦与争端，信任的基石仿佛出现了裂痕。
林羽意识到，武力防御固然重要，但守护多元宇宙的和平更需要从根源上消除这些负面因素。他带着联盟中的智者，穿梭于各个出现问题的文明之间，利用签到系统获得的“心灵启迪”能力，帮助各个文明的生命看清真相，化解误会，重拾彼此间的信任。
在这个过程中，林羽他们还意外发现了一个隐藏在多元宇宙深处的神秘世界，这个世界似乎与各个签到系统的起源有着紧密的关联。为了探寻更多真相，解开签到系统背后更深层次的秘密，林羽决定带领一部分成员深入这个神秘世界进行探索。
而等待他们的，是未知的危险与可能彻底改变多元宇宙命运的重大发现，林羽怀揣着坚定的信念，与伙伴们踏入那神秘世界的大门，准备迎接新的挑战，续写属于他们的传奇故事，继续为守护多元宇宙的和平与繁荣不懈努力。