在之后的日子里，皇帝虽然暂时将皇后幽禁在景仁宫偏殿，但心中的疑虑和愤怒并未消散。
随着时间的推移，皇帝暗中吩咐心腹太监苏公公去进一步调查皇后与纯元皇后之死的关联。苏公公办事极为谨慎细致，他不仅重新询问了李太医，还在暗中调查了皇后身边的一些宫女太监，包括那些已经被打发到偏远宫室的旧人。经过数月的探查，苏公公发现了一些之前未曾被发现的细节。原来，皇后身边的剪秋在取走紫菀之后，还曾与一个神秘的小太监有过接触，而这个小太监背后似乎与皇后的母家有着千丝万缕的联系。而且原来碎玉轩的芳贵人，祥嫔生产时的稳婆，菀妃娘娘穿错纯元皇后的嫁衣等。
皇帝得知这个消息后，龙颜大怒。他觉得自己之前对皇后的处罚实在是过于仁慈了。于是，他下旨将皇后身边剩余的几个亲信宫女太监全部杖毙，以此来警告皇后。同时，他削减了皇后母家在朝中的部分势力，收回了一些重要的官职和封地。
对于皇后本人，皇帝下令将她从景仁宫偏殿转移到更加偏僻的冷宫。那冷宫地处皇宫的西北角，阴暗潮湿，四周的墙壁斑驳陆离，散发着一股腐臭的气息。皇后被带到冷宫时，她曾经的高贵与威严早已荡然无存。她的华服被换成了粗糙的布衣，曾经精心梳理的发髻也变得凌乱不堪。
在冷宫中，皇后每日只能得到最基本的饮食供给，粗茶淡饭且数量稀少。她的房间里只有一张破旧的木板床和一张摇摇晃晃的桌子，没有任何取暖的设备。冬天来临的时候，寒冷的西北风呼啸着穿过破旧的窗户，皇后只能蜷缩在单薄的被子里瑟瑟发抖。
皇帝还下令，禁止任何人前去探望皇后，包括她母家的人。他要让皇后在孤独和绝望中度过余生，为她曾经犯下的罪行付出代价。
然而，就在皇后在冷宫中饱受折磨之时，太后却突然病重。太后在病榻之上，听闻了皇帝对皇后的严惩，心中不忍。毕竟，皇后是她家族的人，且多年来在后宫也有诸多贡献。
太后强撑着病体，召见了皇帝。皇帝来到太后榻前，看到太后憔悴的面容，心中满是担忧。太后缓缓开口道：“皇帝啊，哀家知道皇后犯下大错，可她毕竟是一国之母多年，如今你将她折磨至此，于皇家颜面也有损伤。况且，她的家族在朝中也曾忠心耿耿，如今你削减了他们的势力，只怕会引起朝堂动荡啊。”
皇帝恭敬地回答：“母后，皇后犯下的可是谋害先皇后的大罪，儿臣实在难以饶恕。”
太后轻咳几声，说道：“哀家明白你的愤怒，可如今哀家也时日无多，就当是哀家最后的请求。莫要让皇后在冷宫中孤独死去，给她一个稍微体面的结局吧。”
皇帝心中虽有不甘，但面对病重的太后，也不好违抗。于是，皇帝下旨，允许皇后母家送些必要的生活用品和衣物进冷宫，但仍然不许探望皇后本人。并且，皇帝命人稍微修缮了冷宫的房间，给皇后添了一床厚被子和一个小火炉，让她不至于在寒冬中被冻死。
皇后得知是太后出手相助，心中燃起一丝希望。她每日在冷宫中对着太后的宫殿方向默默祈祷，希望太后能够早日康复，或许还能让自己彻底脱离苦海。
可是，太后的病情愈发严重，最终还是没能熬过那个冬天。太后驾崩之后，皇帝又恢复了对皇后的严厉态度。他觉得，自己已经给了太后面子，现在无需再对皇后仁慈。
皇后彻底陷入绝望，她知道自己再也没有翻身的机会了。在无尽的孤独和悔恨中，她的心智逐渐被消磨。曾经那个工于心计、为了后位不择手段的皇后，如今只剩下一副被岁月和苦难侵蚀的躯壳。
冷宫中的日子愈发难熬，皇后常常对着那扇破旧的窗户发呆，回忆如潮水般涌来。她想起自己刚入王府时的青涩模样，也曾怀揣着对未来的憧憬，可权力的诱惑让她一步步走向深渊。每一个被她算计过的人仿佛都在眼前浮现，纯元皇后那温柔的面容、芳贵人的哀怨眼神、祥嫔的惊恐模样以及甄嬛那倔强不屈的样子，都如同噩梦般缠绕着她。
皇帝彻底断绝了皇后与外界的联系，连那一点点从母家送来的物资也不再允许。皇后又回到了最初那种食不果腹、寒夜难眠的境地。她的身体状况也越来越差，疾病缠身却无人问津。