小说中杨逍在屠狮大会上指挥的光明顶总坛直属五行旗有所不同，光明顶的五行旗指挥方式是白旗号令锐金旗、青旗号令巨木旗、红旗号令烈火旗、黑旗号令洪水旗、黄旗号令厚土旗。沈飞的五行旗指挥系统则没有这样各旗和颜色的对应，而是按军事指挥的惯例把方位和旗帜对应起来。
这是戚继光十八卷《纪效新书中总结过了，按中国历代军事指挥的常规：黄旗对应中军、红旗对应前军、白话对应右军、青旗代表左军、黑旗代表右军。锣鼓旗帜是古代军事指挥的核心，因此戚继光练兵第一条就是“练目耳”，就是要士兵明白各种乐器和旗帜颜色代表的指令含义，五种颜色的旗帜代表五个方位就是基本的一条。
比如“看右看齐”、“右军出动”等指令都是由白旗发布，与左方有关的指令则是由青旗发布，以此类推。极少扯着嗓子用口令发布命令，除非是一些极其复杂，光是旗令锣鼓表达不清楚含义的命令才通过传令兵用口令传达。
彭莹玉的九大“普字辈”核心弟子中，陈普文和赵普胜卸任掌旗使后留下成为彭莹玉的副手协助管理台湾，况普天掌握情报部门还主持杭州据点，以“蛤蟆功”为核心的《海蟾经修炼进境极快，这段时间来已经有不少人的功力不下于“普”字辈，被提拔成头目，就有六个“普”字辈弟子空闲了下来。
就让这六个人带上一批骨干教官前往安徽，红巾军出兵北伐带走了大部分精兵，也就是郭子兴和郭天叙父子还留在那里，威望极高的“普”字辈弟子进入后很快就能架空他们掌握实权，再加上早就已经在安徽铺开的情报网和各项产业的配合，加上戚家军的训练方式极快的成军时间，很快就能把安徽也纳入沈飞的控制之下。
趁着现在安徽没有蒙元势力，训练军队、打造军器、加固城防、修筑工事、整修道路，已经是沈飞地盘的南方各省同样的事情，在安徽都是可以光明正大的干，等到把安徽也经营地铁桶一样，江西、山东、河南、湖北这些可都是相邻的省，随时可以进兵中原。接下来的缺的就只是时间了，为了应对以后扩张的人手准备，第三批葵花卫又是200人开始了训练。
转眼两年时间过去，这段时间北方风起云涌，被红巾军搅得天翻地覆。红巾军四路北伐的情形和历史上差不多，毛贵、续继祖、陈进统帅的东路军已经占领山东半岛大部，经营成了基地，过程中打得最长的一仗就是攻克济南。原来地方豪强和元军纷纷反正，田丰、余宝是其中代表。
在济南集结大军后，挥军北方直取蒙元心脏大都，已经攻克了大都屏障蓟州，前锋到达了离大都一百二十里的通县，不过部队伤亡也不小，目前主力正停驻在柳州，准备等待中路军会合军力大增后共同邀击大都。
李武、白不信统帅的中路军进击潼关，在河南、山西、陕西和元军答失八都鲁、察罕特穆儿部几经交战，互有胜负，对峙了一阵，白不信见潼关难克，就绕路从河南南阳与湖北襄阳的交界处武关进军关中，甩开元军主力与李武部会合，把关中搅得一片混乱。不过察罕特穆尔脱离答失八都鲁以后，迅速追到关中，中路军逐渐已经陷入了被动。
中路军由关铎、潘诚、沙刘和冯长舅统帅，从山东出发，攻克河北大名后，翻越大太山进入山西腹地，原本打算兵分居庸关和保定南北两路，配合东路军围攻大都。不过攻击保定不克，难以完成会合计划，从山西北上拿下完州以后攻克了重镇大同，打开了通过塞外的道路，杀向了蒙元老巢上都。
在这两年之中，沈飞继续进行着练兵、养马、打造车船军器、训练葵花卫这些常规项目，桃花岛上的第一批亲传弟子已经毕业，补充到了军队和南塘帮的情报部门，用移魂大法逼问口供，清理出了一大批各路奸细。
第二批500个性格沉静的亲传弟子已经选拔了出来上了桃花岛进行训练。而这个时候，不出一直算着时间的沈飞所料，一件推动剧情节点的事情发生了，张翠山一家回来了。