十天之后，沈飞收到邸报和密信的消息，锦衣卫“教导连”正式发威了，锦衣卫也进行了彻底的改组。
事情还是从整顿京营开始的，张庆臻把整顿京营的事情办砸了，还拖下水了刘鸿训，使内阁成员来了地震式的大换血，京营的整顿却还要继续。崇祯在兵部和吏部的推荐下，在文华殿召集了宁阳侯陈光裕、襄城伯李守琦、清平伯吴遵周，诚意伯刘孔昭四个人，让他们各自说说整顿京营的想法，几个人面试下来以李守琦的想法最有条理，说出了十几条措施，自信程度堪比茅元仪，似乎只要任用他就能扫除京营弊端，整顿出十万精兵来，让崇祯大赞人才，任命他提督京营，可是没过几天马上就碰了一个大钉子。
李守琦上任以后，一开始确实雷厉风行地干了几件事，四天内就宣布清退老弱三千多人，把一千多个冒名顶替的人打了一百军棍，又砍十几个在街头打架斗殴的营兵，这样一通雷霆手段下来，自以为可以严明军纪，把京营收拾了服服贴贴，就上疏夸耀。
可是到了第六天，就有一队京营士兵，不知道在谁的指使下，带着兵器，骑马在街上横冲直撞，喝了酒后，冲到店铺里抢劫并砍伤了店主，甚至一路冲到皇宫附近的大明门外，挥舞兵器大声吵闹。锦衣卫上去查问，这些士兵说是襄城伯让他们长长血性，和锦衣卫发生了冲突，最后锦衣卫和巡捕营联合才把二十多个人制服抓捕。
京营士兵公开作乱，性质严重。这还只有二十多人，如果是两百、两千麻烦就大了。虽然很容易就能想明白这事情不可能是李守琦指使的，是有人在使坏想把李守琦整下去，搅黄京营整顿的事情，可是毕竟是在担任京营提督以后闹出来的乱子，他也肯定有责任，崇祯只能把他停职，第二次整顿京营又宣告中断失败。
崇祯又找了一些武官勋贵问京营究竟是怎么回事，诚意伯刘孔昭感叹，京营的营兵都是北京的老居民，标准的地头蛇，和京城里方方面面的势力都有联络，身份从贩夫走卒，到权贵仆从，从锦衣卫到太监宫女家属乃至后妃外戚，几乎每一个都有背景，整治哪有这么容易的？高文彩也说北京城里的流言大多出自三大营，一人造谣进营传到一队，一队传一营，一营能传遍全城、传到满朝文武、传进内廷，煽动力极强。恭顺侯吴汝胤更直说谁真下手整治京营，没有几天真假各种流言就遍布北京城，还没治营兵，自己就先被治了。
崇祯看他们都叫苦，问京营莫非就没法治了？刘孔昭连叹艰难。崇祯问如果自己来治呢？吴汝胤说崇祯日理万机，哪有空亲自治理京营，接着说了大实话，明枪易躲暗箭难防，营兵大多是几代久居京城，人脉广泛，亲友遍及各行各业。工匠酒食医药都有相关，如果暗处做些手脚也难查难防，崇祯也难保万全。武宗和熹宗都是落水不久病死，谁也保证不了没有蹊跷。崇祯就决定京营先不动，还是先调来自己的嫡系力量，阎应元训练的锦衣卫教导连再说。
崇祯向高文彩询问了训练情况，短短不到两个月的训练，如果让这支教导连和后金精锐拼杀还不行，不过先整治内部已经够了。崇祯就让高文彩秘密把阎应元率领的这支教导连调进北京皇宫里。当天下午让这一百三十三人分成十三队穿便服分批骑快马进了北京。
北京城达官勋贵云集，每家都养了不少家丁，还有一些大商帮雇请的保镖，人数比这多的都有不少，不会引起注意。傍晚高文彩安排他们在城里一处秘密地点集结，给他们换上了锦衣卫制服和腰牌，按正常的锦衣卫轮值换班程序，把这些人安排进了皇宫，崇祯检阅后个个都精悍有慑人的气势。
当天晚上半夜，崇祯把教导连安排在了武英殿内外，召集相内阁首辅、次辅，兵部尚书、兵科都给事中和几个给事中以及锦衣卫高官，开了次小规模会议，提出了整顿锦衣卫。
说到任用官员推荐的勋贵整顿京营连连受挫的事情，说明凭资历身份任用人办事是不行了的。想振作武备不能再因循旧制，论资排辈，要打破用人制度开始，能力出众的，不管出身地位怎么样都应该重用。能力平庸低劣，不管家世怎么尊贵，官职品阶怎么高，都不能再占高位了。
京营要一下子整顿好不容易，就先从护卫亲军锦衣卫开始整顿。锦衣卫已经裁减一半，不过光裁减校尉、将军、力士还不够。锦衣卫官员要换，产生锦衣卫各级统领的方式也要换。锦衣卫掌卫事郑士毅问怎么换法，崇祯说直接通过教场比武，胜出的可为锦衣卫统领，不必再由兵部论资排辈推举人选。
韩爌经过两次内阁成员出事，已经不想在沾惹麻烦，说锦衣卫人事，向来是兵部和锦衣卫堂上官决定的，他没什么意见。一副不支持、不反对、不关心，能不管就不管的态度。王在晋表示支持，事情是因为他推荐的人整顿京营失败引起了的，他本来就有愧，加上在被弹劾事件中崇祯把他保了下来，当然不会有异议。
兵科都给事中熊奋渭，虽然没有进贰臣传，后来也是降了清的。一开始想表示反对，刚说了没几句，就看到了崇祯杀人的眼光。崇祯打算如果有人反对就直接杖杀立威强行推行的，不过那样后续的事会加大阻力，是作为最后的手段。幸亏熊奋渭