战。库兰德被任命为帝国总指挥官，负责剿灭崛起的兽人。然而机械修会，国教等领主为了自己的利益屡次破坏计划，导致了很多不必要的牺牲。库兰德最终死在第二次乌兰诺之战，并由马克西姆斯.席恩取代他的位置，成为帝国总指挥。他主导和发动第三次乌兰诺战争，解决了迫在眉睫的兽人危机。刺客庭大导师-范格里奇厌倦了泰拉领主们的无能和勾心斗角。他发动了刺杀，将所有的至高领主替换成了傀儡，进行了独裁统治。一百年后，刺客庭大导师-范格里奇因帝国那庞大的政务而陷入疯狂，马克西姆斯.席恩返回杀死了他，结束了独裁统治。范格里奇的悲剧证明了凡人是无法统御一个如此庞大的国度。野兽战争结束后，帝国短暂的繁荣时代也随之结束。那些因为荷鲁斯叛乱失败而逃入恐惧之眼的叛徒也在漫长的时光中积蓄起了力量。在诸神的命令下，他们再度对帝国发动黑暗远征。此后，每隔一段时间就会爆发黑暗远征。极大地削弱和危害了帝国的根基。阿巴顿不断将恐惧和绝望散播到银河中。野兽战争解决后，双子帝国危机出现。位于太平星域的厄尔议会因为政治纷争而宣称独立。该分裂危机持续千年，造成无数冲突和战争。分裂危机结束后。第361任内政至高领主范迪尔，推翻了教宗-保罗里斯三世，成为了同时担任内政部和国教的至高领主，成为权力最大的帝国官员，拉开了黑暗的血腥统治时代，也被称为叛教时代。叛教危机是荷鲁斯之乱后，最为残酷，死伤人数最多的一场屠杀和动乱。造成的危害仅次于荷鲁斯之乱，若是在某些方面更是有过之而无不及。范迪尔建立了一套庞大的间谍系统，将试图忤逆他的人尽数投入到监狱之中，遭到酷刑和折磨。在那个期间，连随意谈论范迪尔这个名字都是不被允许的。若是批判一下他的政策，更是会有刺客庭上门送温暖。有些星球仅仅只是因为怠慢了他用于宣传自我功绩的代表团，就惨遭灭绝令屠杀，数十上百亿人尽数被处决。有些世界更是立起了规模庞大的火刑架，以宗教之名处死了不计其数的所谓异教徒。范迪尔并不在乎帝国以及全人类的未来。他想要的只是更多的权力。帝国的资源被他随意浪费。多年累积的财富被他消耗一空。很多先进的技术以莫须有的名义销毁，在内斗中遗失。无数繁荣的世界在这位疯子的蹂躏下衰败，无数人对帝国如此残暴的统治心生不满，为日后的叛乱埋下了种子。在多方势力的努力下，范迪尔最终被他一手扶持起来的帝皇的女儿-战斗修女的前身-帝皇的新娘而杀死。解决掉范迪尔，帝国再也没能恢复成以往的样子。血腥统治造成的余波仍在毒害着人类。叛徒主教布卡里斯掀起了极为恶劣的分裂主义叛乱。利用肆虐的亚空间风暴，欺骗他的信徒，建立了他的小小王国。甚至还对芬里斯的太空野狼发动了战争，对狼牙堡进行了长达三年的围攻。由于其残暴统治，最终布卡里斯被起义的民众撕碎。因为对叛教时代的范迪尔走狗进行大清洗，而成功上位的国教圣徒-巴利乌斯有着极大的声望。有一支专门的净化部队，为他绞杀那些他认为是异端的敌人。在一场亚空间风暴后，他宣判三十个星际战士战团缺乏信仰，已经存在潜在的腐化。于是这些有罪的战团必须二选一。死亡或是进入恐惧之眼进行一次赎罪远征。所有的战团都选择了后者。后人记录这一次远征为深渊远征。事实证明这是一场巨大的灾难。给混沌送去了大量的兵员和物资。也让帝国的整体实力遭到削弱。每一个参加这场远征的战团皆以厄运告终。铁之亚龙战团被转化为灰色死亡的瘟疫战帮。哨兵战团被腐化成嗜食人肉的圣体兄弟会的色孽战帮。精毅兄弟在对抗恶魔引擎的时候被腐化成熔岩猎犬战帮。铁砧兄弟会战团在古灵族帝国残存的废墟中搜寻失落的古代科技时被黑暗灵族的掠袭者抓住，在科摩罗的角斗士竞技场被折磨数年，等他们逃离那座黑暗之城后，已然成为了全员疯子。直到八百年后，幸存的穿刺之剑战团才返回帝国。让他们去送死的国教圣徒-巴利乌斯已经作古，还被无知的人们奉为圣人。穿刺之剑战团长揭穿了巴利乌斯是一位混沌叛徒，并在至高领主的支持下，将其追随者尽数处死，尸骸扔到恒星里面。没有防火墙保护的情况下，除非拥有绝对的信仰和毅力，否则绝无可能在恐惧之眼抵御混沌的低语。两万多名星际战士被腐化。连带着服务那些战团的凡人辅助军和仆人也尽数被混沌污染。深渊远征让叛徒势力得到了增强。混沌在此后开始频繁不断地袭击帝国。一次次混乱让帝国进入了衰落。在异形，混沌，内乱的侵袭下，帝国的情况也越发地危急。光明被拖入黑暗，希望变成绝望，过去的惨痛教训使人类停滞不前。迷信与教条像福音一样被传播，盲目服从被高度赞扬，而自由思想则被视为嫌疑与唾弃。严酷的统治取代了启蒙的希望。其官僚机构不断地衍生增长，变得臃肿低效、腐败的至高领主以及众多议员以人类和帝皇的名义，沉浸在权力的斗争中。为了种族的延续，没有仁慈。牺牲与不计代价，也已成为惯例。帝国陷入了黑暗，在风雨中飘摇着。随着叛徒们发动第十三次远征，帝国走向了真正的绝境。大裂隙出现，亚空间风暴肆虐。超光速航行变得前所未有地危险。无数道亚空间裂缝以前