在经历了长鼻叶事件后，小智一行人再度回到此前收服龙虾小兵的海滩。
清晨。
刚完成晨跑热身的小智一行人，无意间瞥到距离他们不远处的崖壁上，正挂着一个身穿白大褂的熟悉身影。
正当三人好奇走近时，一只长翅鸥落在那道身影面前，三人不知道发生了什么，只见那人手一松直接从崖壁上坠落。
还在即将落地时，一只吼爆弹为其垫了一下，但被打搅了睡眠的吼爆弹，生气地对那人吼了一声，吓了其一跳便挖洞离开了。
三人凑近一看，原来这个坠崖的人竟然是小田卷博士。
“小田卷博士，你有在做野外考察啊？”小智问道。
“啊，是小智你们几个啊！”小田卷看到小智几人也是倍感惊讶。
众人找了一个地方坐下后。
小田卷博士便感慨道：“小刚能跟小智你们会合这是太好了。”
“当时多谢您的照顾了，小田卷博士。”小刚诚挚道。
“小田卷博士，你为什么会出现在武斗岛啊？”小遥疑惑道。
“哦，我一直有一个心愿，想观察这座岛的神奇宝贝，比如说这附近的长翅鸥在悬崖上筑巢。”小田卷解释道。
“可是像你刚才那样也太冒险了吧？”
“没办法，我想了解长翅鸥巢穴的情况，不上去很难观察到。我还好奇你们几个为什么会出现在这里呢？按照小智你的进度，不是应该要到凯那市附近了吗？”
小田卷博士好奇起小智等人为什么还在武斗岛停留。
“主要还是要陪小遥做特训啦，武斗道馆的藤树先生实力很强，小遥的火稚鸡挑战道馆太勉强了。”小智解释道。
“哦，原来如此，藤树是擅长格斗系，火焰系的火稚鸡确实有点难，不过要是能进化成力壮鸡或许难度会小很多。”
听到小田卷的话，小遥有些不好意思道：“力壮鸡，还差得好远呢！”
…………………
山壁上。
武藏疑惑地看向小田卷，“那个人是谁啊？”
“好像是叫做小田卷的神奇宝贝研究学者。”小次郎回道。
“神奇宝贝研究学者？那是不是跟踪那个家伙，就能找到有很多神奇宝贝的地方去啊，喵？”
喵喵开始了日常幻想环节。
而他的话，让武藏和小次郎眼前一亮。
火箭队三人组盯上小田卷博士，小智三人也加入到小田卷的野外神奇宝贝观察课程当中。
当然了，小智三人加入的原因主要是还是陪小遥，没办法小遥在神奇宝贝方面的了解很肤浅。
跟小田卷做研究，算是一种很好的增长见闻办法。
………………………
与此同时，一架红色的飞行器突然降临武斗岛。
这架飞行器停稳之后，一队穿着火岩队服饰的家伙走了下来。
他们先是使用不知名的仪器进行探测扫描，随后朝着岛屿某个地方开展行动。
附近的海底也来了一艘潜艇，水舰队的人也在同一时间抵达武斗岛。
……………………
某处洞窟前。
“哦，这个洞窟搞不好有野生的大嘴蝠存在！”小田卷博士兴奋道。
“大嘴蝠？”
小遥疑惑地拿出图鉴翻找相关信息。
“大嘴蝠，蝙蝠神奇宝贝，超音蝠的进化形……”
“大嘴蝠啊？那还真是怀念呢，博士我们快进去吧！”
小刚想起了自己放在道馆的那只叉字蝠，那是刚出来旅行时，他在月见山收服的超音蝠进化而来的。
“咦，小刚你收服放过大嘴蝠啊？”小遥疑惑地看向小刚。
小刚点点头：“嗯，收服过，不过它已经进化成叉字蝠了，而且我还将它留在道馆里交给弟弟次郎用来考验训练家了。”
一行人进入洞穴后，满怀期待的大嘴蝠没有出现，反而来到了一处人为修缮的秘密小屋。
小刚好奇地上前敲了敲门，“有人在吗？”
见没人应答，而房门也并没有锁上，一行人好奇地打开房间。
只见小屋里面装潢相当温馨，只是房间的桌椅都是小号的，让小智等人看了之后，下意识地将这个地方视为某个小屁孩的秘密场所。
“这些书都是关于神奇宝贝对战的诶！”小刚随手拿起书架的书本翻看道。
“不要碰那些东西，不准你们擅自跑进我的秘密基地。”
这时，一个小男孩带着一只土居忍士，从门外走了进来。
“你的秘密基地？”
小智几人疑惑地看了过了过去。
“小朋友，不好意思哈，我们并不知道这里是你……”
小田卷博士话还没说完，小男孩便指挥土居忍士对他们发起攻击。
众人自知理亏也没有反抗直接夺门而出，离开了小男孩的所谓秘密基地。
然而，小智等人刚走，火箭队三人组后脚就将小男孩赶了出去，并且还强行留下了对方的土居忍士。
看到屋内还有电脑，喵喵便想通过电脑联系坂木，汇报之前小智告诉他的情报。